ELEA kõrgeim organ on liikmete üldkoosolek, üldkoosolekute vahelisel ajal täidab
üldkoosoleku ülesandeid volinike koosolek, millist nimetatakse nõukoguks, ELEA-d juhib ja esindab juhatus.
ELEA-t juhib ja esindab nõukogu poolt kaheks aastaks määratud ühe- kuni kolmeliikmeline juhatus.
| 1994 -1996 | EEA juhatuse esimees:
Meelis Arumeel (AS Balti Transport) |
| 1997-1999 | EEA juhatuse esimees: Jüri Suursoo(ATV & TAV Logistika OÜ) |
| 1999 – 2000 | EEA juhatuse esimees:
Karli Lambot (Air Cargo Estonia AS) |
| 2001 – 2002 | EEA juhatuse esimees: Jaan Lepp(Svex Eesti AS) |
| 2003 – 2007 | EEA juhatuse esimees: Vallo Arumäe (Balti Logistika AS) |
| 2007 – 2009 | EEA juhatuse esimees:
Karli Lambot |
| 2009 – 2010 | ELEA juhatuse esimees: Raido Rebane (Club Shipping OÜ) |
| 2010 – 2012 | ELEA juhatuse esimees:
Karli Lambot |
| 2013 – 2015 | ELEA juhatuse esimees:
Alvar Tõruke |
| 2015 – 2017 | ELEA juhatuse esimees: Janek Saareoks (Schenker AS) |
| 2017 – 2018 | ELEA juhatuse esimees: Lauri Latt (VIA 3L Logistics OÜ) |
| 2018 – 2020 | ELEA juhatuse esimees: Toomas Orutar (Logistika Pluss OÜ) |
| 2020 – 2024 | ELEA nõukogu esimees: Toomas Orutar (Logistika Pluss OÜ) |
| 2024 – … | ELEA nõukogu esimees: Andres Matkur (ACE Logistics Estonia AS) |
| 1994-1999 | Ain Kiisler –
EEA peasekretär |
| 1999 | Inga Urke –
sekretär – raamatupidaja, peasekretäri kohusetäitja |
| 1999 – 2007 | Kersti Kraas – EEA peasekretär |
| 2007 – 2010 | Katrin Raie –
ELEA peasekretär |
| 2010 – 2020 | Katre Kasepõld –
ELEA peasekretär |
| 2020 – …. | Herkki Kitsing
ELEA juhataja ja juhatuse liige |